W tym typie nadwrażliwości, określanym jako nadwrażliwość typu późnego (delayed type hypersensitivity – DHT), reakcje na antygen wynikają z pierwotnego zaangażowania limfocytów T. Zmiany zapalne wynikają z działania cytokin wydzielanych te limfocyty w ciągu 24 do 48 godzin od kontakty z antygenem. W procesie tym bierze udział bardzo wiele różnych limfocytów, wydzielających kilkadziesiąt różnych cytokin, których mechanizm działania jest niezwykle skomplikowany biorąc pod uwagę ich wzajemne interakcje. Z tego względu Terapia Fenotypowa opiera się wyłącznie o wykonywane przez doświadczonego diagnostę laboratoryjnego, testy cytotoksyczne, które pozwalają na morfologiczną (jakościową) ocenę reakcji białych komórek krwi na badany produkt. Dzięki temu testy te pozwalają wykryć znacznie większe spektrum reakcji, niedostępnych dla innych metod diagnostycznych.
Należy jednak zaznaczyć z całym naciskiem, że i w tym wypadku wynik testu to tylko informacja o tym, że w danym momencie organizm pacjenta może niekorzystnie reagować na niektóre spożywane pokarmy czy dodatki do żywności.